Array CGH (aCGH) ve PGT: CytoSure Single Cell Aneuploidy Array

Preimplantasyon genetik tanı (PGT), başlangıçta sadece sayısal kromozom anomalilerinin saptanması amacıyla http://www.ogt.co.uk/images/logos/ogt.gifuygulanmış olup daha sonra yapısal kromozom bozuklukları ve DNA hastalıklarının tanımlanması amacıyla da kullanılmaya başlanmıştır.

Kromozomal bozuklukların tanımlanması için kullanılan ve floresan in situ hibridizasyon (FISH) adı verilen yöntem ile sadece belirli kromozomlar incelenebilmekte ve sadece sayısal olarak değerlendirme yapılabilmektedir. Günümüzde kromozomların tümü için sayısal değerlendirme yapabilmeye olanak sağlayan teknikler geliştirilmiştir. Bununla birlikte; delesyon, duplikasyon ve marker kromozom gibi yapısal kromozomal bozukluklar için klasik FISH tekniklerini kullanarak genel bir tarama yapmak münkün değildir.

Prenatal ve postnatal dönemde kromozomlardaki sayısal ve yapısal anomalilerin detaylı incelenebilmesi için 1995 yıllarında compative genomic hybridization (CGH) adı verilen ve daha küçük kromozomal anomalileri tanımlayabilen, bu nedenle de daha yüksek tanı imkanı sağlayan yöntemler geliştirilmiştir. 2000'li yılların başında ise Wilton ve arkadasları tarafından ilk kez bir embriyoda genetik tanı amacıyla kullanılmıştır. Uygulamadaki en büyük sıkıntı, tekniğin uygulama aşamasının 48 saatten fazla sürmesi olup bu nedenle PGT işlemi yapılan embriyolar dondurularak saklanmış ve daha sonra çözülerek sağlıklı olanlar transfer edilerek gebelik elde edilmiştir.

Array teknolojilerinin yaygınlaşması sonrasında klasik ve high-resolution CGH uygulamalarına alternatif olarak Array-CGH (aCGH) adı verilen yeni bir teknik geliştirilmiştir. Array platformlarında gerçekleştirilen bu çalışmalar her geçen gün daha da geliştirilmiştir. Sonuçta, diğer CGH yöntemlerine göre çok daha küçük kromozomal anomalilerin saptanabilmesi mümkün hale gelirken analiz süreleri çok kısalmış ve hata payları da minumum düzeye indirilmiştir.

array CGH analizi için gerekli olan sürenin çok kısalmış olması bu tekniğinin embriyolarda da kullanılmasına olanak sağlamıştır. Günümüzde, bu amaçla üretilmiş 3-4 farklı kit bulunmaktadır.

array CGH tekniğinin özellikleri

  • 1 adet blastomer alınması
  • Array-CGH tekniğinin uygulanması
  • Whole genom amplifikasyonu yapılması
  • array CGH için çok fazla noktanın incelenmesi
  • 3µm kapasiteli lazer tarama cihazı ile değerlendirilmesi
  • Sayısal ve yapısal kromozom bozukluklarının aynı anda tanımlanması
  • Tüm işlemin 12-24 saat içerisinde tamamlanması

Bu array CGH kitlerinden çözünürlüğü en yüksek olanı ise Oxford Gene Technology (OGT) tarafından geliştirilmiş olup "CytoSureTM Single Cell Aneuploidy Array" adıyla kullanıma sunulmuştur.

OGT tarafından dizayn edilerek üretilen bu kitlerle embriyolardan alınan 1 adet blastomerde 12-24 saat içerisinde 24 kromozom için sayısal ve yapısal değerlendirme yapılabilmektedir. Tüm genom (whole genom) amplifikasyonunu takiben yaklaşık 60.000 noktanın incelenmesi ile gerçekleştirilen analiz sonrasında 3µm kapasiteli lazer tarama cihazı ile değerlendirme yapılır.


OGT - CytoSureTM Single Cell Aneuploidy Array kitinin avantajları

  • Bac probu temelli diğer kitlerin aksine oligonükleotid prop teknolojisinin kullanılması
  • Bu nedenle daha yüksek sensitivite ve spesiviteye sahip olması
  • Diğer kitlere göre 4 kat fazla çözünürlüğe sahip olması
  • array CGH için ~60.000 noktanın incelenmesi
  • Sayısal (anöploidi) ve yapısal kromozom bozukluklarının (translokasyon vb) aynı anda tanımlanması
* Oxford Gene Technology (OGT) firması tarafından geliştirilen ve embriyolarda aCGH analizinin yapılabilmesine olanak sağlayan "CytoSureTM Single Cell Aneuploidy Array" hakkında detaylı bilgi için lütfen tıklayınız.
« Haberlere Geri Dön