Hazırlık (Set-up) Aşaması

Tüp bebek aşamasında embriyolarda yapılan preimplantasyon genetik tanı (PGT) işlemi, kan ve dokudan yapılan genetik testlere göre çok daha zor ve zahmetlidir. İşlemin, embriyodan alınan tek bir hücre (blastomer) üzerinde gerçekleştirilmesi bunun en büyük nedenidir. Talasemi gibi hastalıklarda, hastalığa neden olan mutasyonun incelenmesinin yanısıra aynı hücrelerde HLA tipinin belirlenmesi PGT işlemini daha da zorlaştırmaktadır. Bu nedenle; PGT öncesinde, genellikle 2-3 ay süren ve set-up adı verilen bir ön hazırlık yapılması zorunludur.

Set-up işleminin yapılabilmesi için mutlaka ailede saptanmış olan hastalıkla ilgili gen bölgesinin DNA testi yapılarak incelenmiş ve bu genetik bölgedeki değişimin (mutasyon) saptanmış olması gereklidir. Sadece klinik olarak tanı konmuş ailelerde PGT uygulamasının yapılabilmesi teknik olarak mümkün değildir.

Hastalığa neden mutasyonların belirlendiği ailelerde de PGT işleminin uygulanabilmesi için bazı şartlar mevcuttur. Bunlardan en önemlisi olan set-up aşaması, PGT işleminin tek bir hücrede (single cell) yapılacak olması nedeniyle gereklidir. Embriyo aşamasındaki genetik incelemelerin tek hücrede yapılması bir takım zorlukları da beraberinde getirir. Çalışmanın, çok az miktardaki DNA örneğinde yapılmasından kaynaklanan sonuç alamama ve yanlış tanı gibi riskler ortaya çıkmaktadır. Bu sorunların aşılması veya minumuma indirilmesi için hem kullanılacak malzemelerin optimum düzeyde çalışıp çalışmadıkları önceden kontrol edilir hem de embriyoda incelenecek gen bölgesine yakın olan ve aileden aileye değişiklik gösteren informatif marker lar belirlenir.

Set-up aşamasında yapılan ikinci önemli uygulama; anne, baba ve hasta çocuktan alınan örneklerde HLA bölgesi için DNA testleri yapılarak doku tipleri belirlenmesidir. Böylece, hem embriyolardaki olası HLA tipleri önceden tahmin edilebilir hem de hasta çocuk ile uyumlu olan ve bulunması durumunda anne adayına transfer edilecek HLA tipi işlem öncesinde belirlenmiş olur.

Mutasyonların konfirme edilmesi, embriyolarda yapılacak olan PGT işleminde kullanılacak hastalığa özgü dizilerin dizayn edilmesi ve üretilerek tek hücre üzerinde denenmesi, hata payını azaltmak için kullanılan aileye özgü olan informatif marker ların belirlenerek üretilmesi ve denenmesi, kişilerin doku tipinin belirlenmesi ve PGT işleminde kullanılacak HLA  marker larının tek hücre üzerinde denenmesi sonrasında set-up aşaması tamamlanmış olur.

HLA + tek gen hastalıkları için yapılan set-up uygulamasının aşamaları

  • Anne, baba ve varsa çocuklardan EDTA'lı kan numunesi ve yanak mukozasından hücre örneği alınması
  • Hastalığa neden olan mutasyon(lar) belirlenmemiş ise kan örneklerinde DNA analizi yapılarak saptanması*
  • Mutasyon önceden belirlenmiş ve set-up yapılan merkezde çalışılan bir hastalık ise konfirme edilmesi
  • Mutasyon önceden belirlenmiş ve set-up yapılan merkezde çalışılmıyor ise mutasyona özgü dizinin dizaynı ve üretilmesi
  • Bu dizilerin (primer) mutasyonun konfirme edilmesi için kullanılması ve tek hücrede çalışıp çalışmadığının denenmesi
  • İncelenen gen bölgesine yakın ve o aileye özgü informatif marker ların belirlenmesi ve üretilmesi
  • Bu informatif marker ların tek hücrede çalışıp çalışmadığının denenmesi
  • Kan örneklerinde PCR yöntemi ile HLA genotiplerinin belirlenmesi
  • HLA genotiplemesi için kullanılacak marker ların tek hücrede çalışıp çalışmadığının denenmesi
  • Tüm aşamaların tamamlanmasından sonra tüp bebek merkezine ve aileye set-up ların hazır olduğu bilgisi verilir
  *DNA örnekleri, hastalığa neden olan genetik bölgenin hangi noktasında değişim (mutasyon) bulunduğunun saptanması için genellikle bu
    gen bölgesini çalışan yurtiçi veya yurtdışı bir merkeze gönderilir. Bu testler bazen 3-4 ay sürebilmektedir. Analiz sonrasında mutasyonun
    tanımlanması durumunda PGT işleminde incelenecek hedef bölge belirlenmiş olur ve set-up çalışmaları başlatılır.